La ville flottante d’Elysium est tombée, d’horribles Fewlocks habitent sur la planète dépotoir Deponia et Rufus est apparemment le seul survivant (humain). Il ne voit qu’une solution : Deponia doit exploser.
Terrifié, Rufus se réveille dans son lit. Etait-ce un rêve ou une vision ? Heureusement, Rufus peut le vérifier immédiatement car le Professeur McChronicle a détecté plusieurs anomalies temporelles. Cela tombe bien car Rufus trouve une machine à voyager dans le temps et part immédiatement mettre la pagaille dans le passé, le présent et le futur.